熒光顯微鏡是以紫外線為光源，用以照射被檢物體，使之發出熒光，然后在顯微鏡下觀察物體的形狀及其所在位置。用于研究細胞內物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等。細胞中有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后可發熒光；另有一些物質本身雖不能發熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經紫外線照射亦可發熒光，就是對這類物質進行定性和定量研究的工具之一。

　　熒光顯微鏡使用方法．

　　1．打開燈源，超高壓汞燈要預熱幾分鐘才能達到最亮點。

　　2．透射式需在燈源與聚光器之間裝上所要求的激發濾片，在物鏡的后面裝上相應的阻斷濾片。落射式需在光路的插槽中插入所要求的激發濾片／雙色束分離器／阻斷濾片的插塊。

　　3．用低倍鏡觀察，根據不同型號調節裝置，調整光源中心，使其位于整個照明光斑的中央。

　　4．放置標本片，調焦后即可觀察。使用中應注意：末裝濾光片不要用眼直接觀察，以免引起眼的損傷；用油鏡觀察標本時，必須用無熒光的特殊油鏡；高壓汞燈關閉后不能立即重新打開，需經5分鐘后才能再啟動，否則會不穩定，影響汞燈壽命。

　　熒光顯微鏡是用來看熒光標本的，它的波長短，普通顯微鏡是用普通可見光源看標本的。在各領域中的應用都非常廣泛,在植物細胞的觀察研究中,通過染色可以更清晰地觀測到細胞的形態及結構。在實驗中發現,還可以直接(不做任何處理)觀察植物葉的氣孔器,而且能觀察到氣孔的變化情況,為其找到了一種新用途。